Yönetim Kurulu ajansın karar organıdır ve ilgili kanun gereği aşağıdaki üyelerden oluşmaktadır:
Bölge illerinin valileri, Bölge illerinin belediye başkanları, Bölge illerinin il genel meclisi başkanları, Bölge illerinin ticaret ve sanayi odası başkanları
Bursa Valisi Yakup CANBOLAT
Bilecik Valisi Dr. Kemal KIZILKAYA
Bursa Büyükşehir Belediye Başkanı Alinur AKTAŞ
Eskişehir Büyükşehir Belediye Başkanı Prof. Dr. Yılmaz BÜYÜKERŞEN
Bilecik Belediye Başkan Vekili Melek MIZRAK SUBAŞI
Bursa Ticaret ve Sanayi Odası Başkanı İbrahim BURKAY
Eskişehir Sanayi Odası Başkanı Celalettin KESİKBAŞ
Eskişehir Ticaret Odası Başkanı Metin GÜLER
Bilecik Ticaret ve Sanayi Odası Başkanı Mehmet ERGÜN
BEBKA Genel Sekreteri M. Zeki DURAK
Genel Sekreterlik Ajansın icra organıdır. Genel Sekreterliğe bağlı çalışma birimleri ve yatırım destek ofislerinin en üst amiri Genel Sekreterdir. Genel Sekreter görevlerinde yönetim kuruluna karşı sorumludur.
BEBKA Genel Sekreteri
1980 yılında Eskişehir’de dünyaya gelen Doç. Dr. M. Zeki Durak, ilk, orta ve lise öğrenimini Eskişehir’de tamamladıktan sonra 2003 yılında Akdeniz Üniversitesi Gıda Mühendisliği Bölümü’nden mezun olmuştur. Lisans eğitimi sırasında TÜBİTAK Bilim Adamı Yetiştirme Grubuna (BAYG) destekli bir projeyi tamamlamış ve 2003 yılındaki bu proje çalışmalarının devamında Amerika Birleşik Devletleri’ndeki en iyi üniversitelerinden biri olan Cornell Üniversitesi’ne misafir araştırmacı olarak davet edilmiştir. Yüksek lisans ve doktora çalışmalarını da Cornell Üniversitesi’nden kazandığı burs ile tamamlamıştır. Doktora eğitimi sonrası Amerika’da çeşitli firmalarda danışman olarak çalışmıştır. 2012 yılında Yıldız Teknik Üniversitesi Gıda Mühendisliği Bölümü’nün kurucuları arasında yer almak için Türkiye’ye dönmüş ve bölümün kurulmasında aktif rol oynamıştır. Yıldız Teknik Üniversitesi akademisyenleri arasında toplam bütçe ve sayıda En Fazla Proje Yapan Akademisyen Ödülü dahil birçok ulusal ve uluslararası ödül olan Dr. Durak’ın aynı zamanda gıda, biyoteknoloji, biyosensörler ve nanoteknoloji alanlarında çok sayıda akademik yayını ve çalışması bulunmaktadır. Bursa Eskişehir Bilecik Kalkınma Ajansı Genel Sekreterliği görevine atanan M. Zeki Durak, evli ve iki çocuk babasıdır.
Planlama, Programlama ve Koordinasyon Birimi(PPKB) bölgenin ekonomik, sosyal ve kültürel gelişmesini hızlandırmaya ve rekabet gücünü artırmaya yönelik araştırmalar yapılması, yerel aktörlerin katılımı ile bölgesel ve sektörel bazda plan ve programlar hazırlanması, yerel, ulusal ve uluslararası kurumlarla işbirliği ve kapasite geliştirmeye yönelik çalışmalar yapılmasından sorumludur.
Program Yönetim Birimi (PYB), PPKB tarafından hazırlanan bölge planı ve programlarına göre oluşturulacak destek programlarının yönetiminden sorumlu birimdir. PYB, tüm destekler kapsamında, başvuruların alınmasından, destek almaya hak kazanan projelerin/faaliyetlerin belirlenmesi ve başvuru sahipleri ile sözleşmelerin imzalanmasına kadar olan sürecin uygulanmasından sorumludur.
İzleme ve Değerlendirme Birimi (İDB), Ajans tarafından hazırlanan plan ve programların ve desteklenen projelerin izleme ve değerlendirilmesi amacıyla gerekli bilgilerin toplanması, analizi, bildirimi ve kullanılması hususunda çalışmalar yapar. Destekleme faaliyetlerinin verimlilik, etkinlik, yaratılan etki ve sürdürülebilirliğinin düzenli aralıklarla takip edilmesini sağlar. Bu nedenle destek programları çerçevesinde başarılı olup, sözleşmesi imzalanan projelerin uygulanması, izlenmesi, yasa ve usullere uygunluğunun kontrolü, yararlanıcının sorunları ve ihtiyaçları ile yakından ilgilenir.
Mali ve İdari işler Birimi(MİB,) Muhasebe, Bütçe, Satınalma, İnsan Kaynakları, Hukuk, Arşiv ,Yönetici Asistanı ve Bilgi İşlem fonksiyonlarının bir araya gelmesinden oluşmaktadır. Ajansın mali ve idari konulardaki iş ve işlemlerini yerine getirir.
Bursa, Eskişehir Bilecik Yatırım Destek Ofisleri iş ve yatırım ortamının yerli ve yabancı yatırımcılara tanıtımı, potansiyel yatırımcılara yatırım süreçlerinde destek olunması görevlerini yerine getirir. Ayrıca yatırımlarda devlet destekleri ile ilgili teşvik süreçlerinde yönetmeliklerle yatırım destek ofislerine verilen görevleri yaparlar.
Hukuk Müşavirliğinden Sorumlu Uzman Personel Ajans tarafından düzenlenen ya da Ajansın tarafı olduğu sözleşme, yönerge, protokol gibi metinleri incelemek ve bu dokümanların ilgili mevzuat hükümlerine uygunluklarını denetlemek, Ajansın hukuki sürece intikal eden dosyalarının hukuki sürecini, Ajans’ın taraf olduğu dava, icra ve diğer hukuki süreçleri takipleri takip etmek, Genel Sekreter ya da diğer birimlerce talep edilen konular ile ilgili hukuki, mali, cezai sonuçlar doğuracak işlemlerle ilgili olarak ya da kanun, kanun hükmünde kararname, tüzük ve yönetmelik tasarıları hakkında görüş bildirmek ile sorumludur.